Nội dung trong phim Under Ninja là câu chuyện kể về một tổ chức ninja ở Nhật Bản từng phát triển mạnh mẽ đã bị GHQ giải tán sau Chiến tranh Thái Bình Dương và cũng kể từ đó mà tổ chức ninja này cũng đã biến mất một cách đầy bí ẩn mà không ai hiểu nguyên nhân do đâu. Tuy nhiên, ninja vẫn tồn tại trong bí mật và người ta nói rằng ngày nay có 200.000 người trong số họ sống ở Nhật Bản, ẩn náu và làm việc bí mật trong các khu vực công, tư nhân và trong mọi loại tổ chức, từ đó mà những tổ chức ngầm ngày càng phát triển một cách mạnh mẽ.
Trong khi một số ninja ưu tú làm việc ở hậu trường trong các cuộc xung đột cấp quốc gia thì các ninja ở cuối tuyến thường không thể tìm được việc làm. Một trong số họ chính là Kuro Kumogakure, bản thân anh hiện đang là một người sống cuộc sống của một NEET , nhận được một “nhiệm vụ ninja” nghiêm túc, lệnh từ cấp trên là thâm nhập vào một trường trung học với trang bị mới nhất. Câu chuyện xoay quanh về Kuro Kumogakure sẽ diễn ra như thế nào đây? Cùng đón xem phim Under Ninja để theo dõi nhé các bạn.