Không lâu sau thành công của phần 1, giám chế Phan Gia Đức cùng dàn diễn viên quen thuộc tiếp tục quay trở lại với khán giả trong seri được đánh giá là tựa phim hình sự xuất sắc bậc nhất của TVB ở thời điểm đó, Truy Tìm Bằng Chứng 2 sẽ tiếp nối nội dung của phần 1 đồng thời mở ra nhiều điều mới mẻ cũng như giải đáp những uẩn khúc còn vướng mắc ở phần 1.
Truy Tìm Bằng Chứng 2 tiếp tục xoay quanh nữ pháp y Nhiếp Bảo Ngôn (Trần Tuệ San), lúc này cô quyết định quay trở lại Hong Kong để làm pháp y như xưa. Sau khi biết Thái đã có người yêu thì Bảo Ngôn cũng đồng ý nối lại tình cảm với Tăng Gia Nguyên (Lâm Bảo Di). Trong khi đó, Thái quen với Kiệt, một luật sư trẻ tài năng, nhưng anh ta có một quá khứ bí ẩn, đó chính là sự mất tích đột ngột của người vợ cũ. Không lâu sau, Thái kết hôn cùng Kiệt nhưng chưa bao lâu thì Kiệt bị tình nghi là có liên quan đến sự mất tích của vợ cũ và tai nạn của cô bạn gái cũ.
Trong lúc này, Ngôn phát hiện ra sự thật là Thái vẫn còn rất yêu Nguyên, vì muốn giúp Ngôn được như ý nên Thái âm thầm rút lui khỏi mối tính tay ba, điều này khiến cho Ngôn vô cùng đau khổ. Ngôn có ý định chia tay Nguyên thì Thái đột ngột bị sát hại. Mọi bằng chúng đều cho rằng Kiệt chính là hung thủ vì ghen tuông. Vì thế mà Ngôn đã quyết định đi xa, rời khỏi Nguyên một lần nữa….
