Cốt truyện trong bộ anime Night Head 2041 được lấy bối cảnh vào năm 2041, sau khi phải nhận hậu quả của Thế chiến III, chính trận chiến này đã đã xóa sổ 2/3 dân số loài người, khiến cho thế gưới trở lên bất ổn, và trong cấu trúc mới hình thành, niềm tin vào bất kỳ vị thần nào hoặc thực thể ngoài con người được coi là một quan niệm phi lý. Để ngăn chặn các công dân mang những suy nghĩ có thể buộc tội, chính phủ đã thành lập một bộ phận Thực thi Vũ khí Đặc biệt để bắt giữ và phục hồi những tín đồ như vậy, cũng chính vì những áp đặt đó đã bắt đầu nổi dậy những cuộc đấu tranh mới.
Câu chuyện trong phim Night Head 2041 kể về 3 anh em nhà Kirihara, Naoya và Naoto, họ đều là những người đã bị những kẻ bắt giữ che giấu khỏi xã hội trong nhiều năm để che giấu khả năng tâm linh của họ, chính vì lí do đó đã được hứa hẹn tự do khi cả thế giới sẵn sàng đối mặt với sự tồn tại của họ. Giờ đây, đang lang thang trong môi trường xã hội mới kinh khủng nơi các nhà tâm linh học không được chào đón, hai anh em thấy mình đang phải chạy trốn các đặc vụ tận tụy của Lực lượng Thực thi, Yuuya và Takuya Kuroki. Liệu rằng những chàng trai này có thể chống lại được những âm mưu kinh khủng kia không? Điều gì đang đón chờ họ ở phía trước đây.