Là bộ phim cuối cùng của giám chế Trương Càn Văn tại TVB trước khi về hưu – người góp phần không nhỏ trong việc tạo nên một kỷ nguyên TVB hùng mạnh nổi tiếng khắp châu Á từ nhiều năm qua, Mạt Đại Ngự Y nhận được nhiều sự quan tâm của khán giả trước khi ra mắt. Phim được bấm máy vào mùa hè năm 2015, tới năm 2016 thì tập đầu tiên được phát sóng, dàn diễn viên của phim được đánh giá cao với nhiều cái tên kỳ cựu như quách Tấn An, La Lan, Ngao Gia Niên, Dương Di, đồng thời cũng là cơ hội thể hiện rất tốt cho nữ diễn viên trẻ tuổi xinh đẹp Chu Thần Lệ. Một điều khá đặc biệt là 2 diễn viên tham gia phim Giả Hiểu Thần (đóng vai vợ của nhân vật chính) và Phàn Thiếu Hoàng kết hôn không lâu sau khi phim đóng máy, 2 người bắt đầu hẹn hò vào năm 2012 và vượt qua nhiều sóng gió để chính thức đến với nhau.
Nhân vật chính của Mạt Đại Ngự Y là một y sĩ tư nhân tên Đỗ Trọng (Quách Tấn An), nhờ có y thuật cao minh mà anh đã được lệnh nhập cung để chẩn trị căn bệnh quái lạ của Thái hậu Từ Hy (La Lan). Sau khi khỏi bệnh, Thái Hậu đã phong Đỗ Trọng làm Ngự Y trong cung. Mặc dù Trọng không muốn nhưng vẫn phải tuân lệnh, anh sau đó dọn vào trong cung cùng với cô vợ bị tàn tật Hồng Bách Hợp (Giả Hiểu Thần). Ngự Y Đỗ Trọng chuyên chữa bệnh lạ lâu năm và các bệnh án chưa thể giải quyết. Trong cung, Đỗ Trọng còn lập công lớn khi vạch trần được âm mưu hạ độc mãn tính cho hoàng đế Quang Tự (Ngao Gia Niên), giúp đỡ hoàng đế thoát khỏi nguy cơ bị truất phế.
Tuy Đỗ Trọng là một danh y nhưng lại không thể chữa khỏi căn bệnh lâu năm của vợ. Anh đành nhờ một cô y sỹ có kỹ thuật gia truyền tên Phục Linh (Dương Di), giúp đỡ vợ anh giảm đau. Phục Linh lợi dụng Đỗ Trọng đề bạt mình vào cung để xoa bóp cho Thái hậu Từ Hy. Bên nhau lâu ngày, Phục Linh dần có tình cảm với Đỗ Trọng. Tuy nhiên, sống trong hoàng cung với những đấu đá thị phi không ngừng, vô tình Phục Linh đã lôi kéo Đỗ Trọng vào hàng loạt sóng gió chính trị.
