Câu chuyện trong phim Lớp Học Khủng Hoảng kể về một lớp học đặc biệt, đây chính là nơi tập hợp của những bộ óc sáng giá nhất của Tập đoàn Kirishina, tất cả những thành viên trong đây đều được hứa hẹn sẽ trở thành những mũi nhọn phát triển hàng không vũ trụ: A-TEC, lớp học đặc biệt này do kỹ sư thiên tài Kaito Sera lãnh đạo, háo hức mong đợi sự xuất hiện của thành viên mới nhất của họ. Tuy nhiên, nhanh chóng trở nên rõ ràng rằng học sinh chuyển trường khó có thể bình thường, Nagisa Kiryuu, giám đốc mới được bổ nhiệm của A-TEC và em trai của giám đốc điều hành của tập đoàn, đã được yêu cầu đóng cửa chương trình. Để giữ cho lớp học tồn tại, Kaito và các học sinh của mình nỗ lực hết sức để phát triển một loại tên lửa kế nhiệm cho tên lửa mạnh nhất của họ, X-2; trong khi đó, Nagisa leo lên nấc thang của công ty để theo đuổi sứ mệnh của riêng mình.
Cốt truyện trong bộ anime Lớp Học Khủng Hoảng theo chân hai nhân vật chính là Kaito và Nagisa, cũng như em gái của Kaito, Mizuki và phi công thử nghiệm của A-TEC, Iris Shirasaki, trong một câu chuyện về âm mưu, chiến tranh chính trị và, chống lại mọi mâu thuẫn, lãng mạn. Khi Nagisa và A-TEC bị lôi kéo ngày càng sâu hơn vào những âm mưu của Tập đoàn Kirishina, tình bạn ngày càng phát triển và quá khứ được hé lộ khi họ chiến đấu để ngăn chặn cuộc khủng hoảng trong lớp học của mình. Câu chuyện trong bộ anime này sẽ diễn ra như thế nào đây? Cùng đón xem 13 tập phim trong bộ anime Classroom☆Crisis để theo dõi nhé các bạn.