Phim Lớp Học Điệp Viên Phần 2 kể về sau một cuộc xung đột quân sự tàn khốc, thì giờ đây cũng là lúc mà các quốc gia chiến đấu trong bóng tối, những nhiệm vụ ngầm ngày càng diễn ra một cách nhiều hơn. Trong khi đó thì có một điệp viên khác thường Klaus, chưa bao giờ thất bại trong công việc bất chấp những điều kỳ quặc của anh ta và anh ta đang xây dựng một đội để thực hiện một Nhiệm vụ bất khả thi một nhiệm vụ có hơn 90% khả năng thất bại.
Tuy nhiên, những thành viên được anh ấy chọn đều là những người không có kinh nghiệm thực tế từ trước đến giờ, họ đều là những người rất đặc biệt chính vì thế mà họ được sinh ra để thực thi những nhiệm vụ tuyệt mệnh này. Họ sẽ phải sử dụng mọi mánh khóe trong cuốn sách để chứng minh rằng họ hoàn thành nhiệm vụ!. Câu chuyện trong phim Lớp Học Điệp Viên Phần 2 sẽ diễn ra như thế nào đây? Cùng đón xem phần thứ hai của bộ anime này để theo dõi nhé các bạn.