Câu chuyện trong phim Edens Zero Phần 2 được lấy bối cảnh tại Vương quốc Granbell, tại đó có một công viên giải trí bị bỏ hoang gần như không có ai quan tâm đến nó và cũng tại đó có sự xuất hiện của một thanh niên tên là Shiki, anh ta là một người rất đam mê máy móc và thích sửa chữa chúng, thậm trí anh đã sống cả đời mình giữa những cỗ máy, anh coi đó là bạn bè và cũng là người thân của mình, anh không muốn dời xa chúng, vì khi anh không có nhà thì những cỗ máy đó khi hỏng hóc sẽ không có ai sữa chữa cũng như vận hành được.
Tuy nhiên cho đến một ngày nọ, từ ngoài hành tinh này có sự xuất hiện của Rebecca và chú mèo Happy ở trước cổng công viên. Những người mới đến này ít biết rằng đây là lần tiếp xúc đầu tiên của con người với Granbell sau một trăm năm! Khi Shiki tình cờ kết bạn mới, những người hàng xóm cũ của anh khuấy động cơ hội cho một cuộc nổi dậy của người máy… Và khi quê hương cũ của anh trở nên quá nguy hiểm, Shiki phải cùng Rebecca và Happy lên phi thuyền của họ và trốn thoát vào vũ trụ vô tận. Và cũng từ đó mà Shiki bắt đầu có những cuộc hành trình đầy thú vị cùng với những đồng đội của mình là Rebecca và Happy.